ScanDisk будет перезагружен всякий раз, когда он заметит, что что-то изменилось на жестком диске. Если вы запускаете ScanDisk из Windows и у вас что-то работает в фоновом режиме, он перезапустится.
Чтобы решить эту проблему, убедитесь, что все другие приложения и TSR закрыты. Если это не решит проблему, вы также можете запустить ScanDisk в безопасном режиме.